O que saber
- Um arquivo FNA é um arquivo de alinhamento de sequência de proteínas e DNA no formato FASTA.
- Abra um com Geneious.
- Converter para FASTA e formatos semelhantes com o mesmo programa.
Este artigo explica o que é um arquivo FNA, como abri-lo e como salvá-lo em um formato diferente, como FASTA, GB, VCF, imagens, etc.
O que é um arquivo FNA?
Um arquivo com a extensão de arquivo FNA é um arquivo de alinhamento de sequência de proteínas e DNA no formato FASTA que armazena informações de DNA que podem ser usadas por software de biologia molecular.
Os arquivos FNA, especificamente, podem ser usados para armazenar apenas informações de ácido nucleico, enquanto outros formatos FASTA contêm outras informações relacionadas ao DNA, como aquelas com FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ, NET ou extensões de arquivo AA.
Esses formatos FASTA baseados em texto surgiram originalmente de um pacote de software com o mesmo nome, mas agora são usados como padrão em aplicativos de alinhamento de sequências de DNA e proteínas.
FNA também se refere a alguns termos de tecnologia que não têm nada a ver com este formato de arquivo, como aceitação final de rede, recurso de aumento de nome/atributo de arquivo, arquitetura de rede Fujitsu e anúncio de vizinho rápido.
Como abrir um arquivo FNA
Abra um no Windows, macOS e Linux com Geneious (é grátis por 14 dias). Para fazer isso, navegue até o menu File > Import e escolha importar o arquivo através do From Fileitem de menu.
Você também pode abrir um com o BLAST Ring Image Generator (BRIG).
Tente o Notepad++ ou outro editor de texto se essas ideias não estiverem funcionando. O arquivo pode de fato ser baseado em texto e simples de ler, ou você pode achar que não tem nada a ver com o formato FASTA; nesse caso, abrir o arquivo como um documento de texto pode revelar um texto que identifica o que foi usado para criar o arquivo ou em qual formato o arquivo está.
Como converter um arquivo FNA
Não podemos verificar isso porque não tentamos, mas você deve poder usar o Geneious para converter o arquivo para muitos outros formatos, como FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV, NEX, PHY, SAM, TSV e VCF. Isso pode ser feito através do menu Arquivo > Export do programa.
Esse mesmo programa também deve ser capaz de salvar o arquivo em PNG, JPG, EPS ou PDF, via File > Salvar como arquivo de imagem.
Embora você normalmente não possa renomear a extensão de um arquivo para outra coisa e esperar que funcione da mesma maneira, você pode renomear um arquivo. FNA para um arquivo. FA se o seu software de sequenciamento de DNA em particular só reconhecer o formato FA.
Em vez de renomear extensões de arquivo, você vai querer usar um conversor de arquivo gratuito para converter outros tipos de arquivo. No caso de arquivos FNA e FA, acontece que alguns programas só abrem arquivos que tenham a extensão de arquivo FA, nesse caso renomear deve funcionar bem.
Ainda não consegue abrir?
Se depois de usar os programas acima, você ainda não conseguir abrir seu arquivo, você pode descobrir que a extensão do arquivo não lê. FNA, mas sim algo parecido.
Por exemplo, os arquivos FNG (Font Navigator Group) parecem muito com ". FNA", mas se você olhar de perto, apenas as duas primeiras letras são iguais. Como as extensões de arquivo são diferentes, é uma indicação de que eles são de um formato de arquivo diferente e provavelmente não funcionarão com os mesmos programas.
O mesmo pode ser dito para muitas outras extensões de arquivo como FAX, FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT, FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) e FND (Windows Saved Search).
A idéia aqui é apenas certificar-se de que a extensão do arquivo seja. FNA. Se isso acontecer, tente novamente usar os programas acima para abri-lo ou convertê-lo. Se você tiver um tipo diferente de arquivo, pesquise sua extensão para descobrir quais aplicativos são necessários para abri-lo ou convertê-lo.
FAQ
Como você abre um arquivo FNA em Python?
Primeiro, converta o arquivo FNA para o formato FASTA usando um aplicativo de terceiros, como o Geneious. Em seguida, você pode baixar o Biopython, um conjunto de ferramentas disponíveis gratuitamente para computação biológica para trabalhos em bioinformática. Finalmente, consulte o Tutorial e Cookbook do Biopython para obter instruções sobre como trabalhar com arquivos FASTA.
Como encontro meus números de fabricante de FNA em um arquivo raw do Ancestry?
Você pode baixar a maioria dos dados de DNA do Ancestry.com no formato.txt. No entanto, apenas os clientes cujo DNA foi analisado com sequenciamento de próxima geração (NGS) têm a opção de baixar um arquivo VCF. Para baixar um arquivo VCF, você deve ser o proprietário do DNA, ter o DNA testado usando a tecnologia NGS e ter pelo menos 350 MB de espaço disponível em seu dispositivo.
