O que saber
- Alguns arquivos PDB são arquivos de banco de dados de programas.
- Abra um com um editor de texto ou um programa como o Geneious.
- Converta para outro formato com o mesmo programa que abre seu arquivo de banco de dados específico.
Este artigo explica o que é um arquivo PDB, como abri-lo e como convertê-lo para um formato diferente.
O que é um arquivo PDB?
Um arquivo com a extensão de arquivo PDB é provavelmente um arquivo de banco de dados de programa que é usado para armazenar informações de depuração sobre um programa ou módulo, como um arquivo DLL ou EXE. Eles às vezes são chamados de arquivos de símbolos.
O arquivo mapeia vários componentes e instruções no código-fonte para seu produto final compilado, que o depurador pode usar para encontrar o arquivo de origem e o local no executável em que deve parar o processo de depuração.
Alguns arquivos PDB podem estar no formato de arquivo Protein Data Bank. Estes são arquivos de texto simples que armazenam as coordenadas referentes às estruturas das proteínas.
Outros arquivos PDB podem ser criados no formato de arquivo Palm Database ou PalmDOC e usados com o sistema operacional móvel PalmOS; alguns arquivos nesse formato usam a extensão de arquivo. PRC. Ainda outro formato que usa essa mesma extensão é o Tanida Demo Builder.
Como abrir um arquivo PDB
Diferentes programas usam seu próprio arquivo PDB para armazenar dados em algum tipo de formato de banco de dados estruturado, então cada aplicativo é usado para abrir seu próprio tipo.
Geneious, Quicken, Visual Studio e Pegasus são apenas alguns exemplos de programas que podem usar o arquivo como um arquivo de banco de dados. Radare e PDBparse também podem funcionar.
Alguns arquivos PDB são armazenados como texto simples, como os arquivos do Geneious' Program Debug Database, e são completamente legíveis se abertos em um editor de texto. Você pode abrir esse tipo de arquivo PDB com qualquer programa que possa ler documentos de texto, como o programa Bloco de Notas integrado no Windows. Alguns outros visualizadores e editores compatíveis incluem Notepad++ e Brackets.
Outros arquivos PDB não são documentos de texto e só são úteis quando abertos com o programa a que se destinam. Por exemplo, se o seu estiver relacionado de alguma forma ao Quicken, tente usar esse software para visualizá-lo ou editá-lo. O Visual Studio espera ver um arquivo PDB na mesma pasta que o arquivo DLL ou EXE.
Você pode visualizar e editar arquivos do Protein Data Bank no Windows, Linux e macOS com o Avogadro. Esses programas também podem abrir o arquivo: Jmol, RasMol, QuickPDB e USCF Chimera. Como são textos simples, você também pode abrir um em um editor de texto.
Palm Desktop deve ser capaz de abrir este arquivo se estiver no formato de arquivo Palm Database, mas talvez seja necessário renomeá-lo primeiro para ter a extensão de arquivo PRC para que o programa o reconheça. Calibre é outra opção.
Para abrir um arquivo PalmDOC PDB, tente STDU Viewer.
Tanida Demo Builder abre arquivos nesse formato.
Como converter um arquivo PDB
Arquivos de banco de dados de programas provavelmente não podem ser convertidos para um formato de arquivo diferente, pelo menos não com uma ferramenta regular de conversão de arquivos. Em vez disso, se houver algum aplicativo que possa converter esse tipo de arquivo, será o mesmo programa que poderá abri-lo.
Por exemplo, se você precisar converter seu arquivo de banco de dados do Quicken, tente usar esse programa para fazer isso. Esse tipo de conversão, no entanto, provavelmente não é apenas de pouca utilidade, mas também não é suportado nesses aplicativos de banco de dados (ou seja, você provavelmente não precisa converter esse tipo de arquivo PDB para nenhum outro formato).
Os arquivos do Protein Data Bank podem ser convertidos para outros formatos com o MeshLab. Para fazer isso, você pode primeiro convertê-lo para WRL com PyMOL do File > Save Image As > VRML e, em seguida, importe o arquivo WRL para o MeshLab e use o menu File > Export Mesh As para finalmente converter o arquivo PDB para STL ou outro formato de arquivo.
Se você não precisa que o modelo seja colorido, você pode exportar o arquivo diretamente para STL com USCF Chimera (o link para download está acima). Caso contrário, você pode usar o mesmo método acima (com MeshLab) para converter PDB para WRL com USCF Chimera e depois exportar WRL para STL com MeshLab.
Para converter PDB para PDF ou EPUB, se você tiver um arquivo PalmDOC, é possível de várias maneiras, mas a mais fácil é provavelmente usar um conversor online como o Zamzar. Você pode enviar seu arquivo para esse site para ter a opção de convertê-lo para esses formatos, bem como para AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT e outros formatos de arquivo de e-book.
Para converter um para o formato FASTA pode ser feito com o conversor online de PDB para FASTA do Meiler Lab.
Também é possível salvar este arquivo em CIF (formato de informação cristalográfica) online usando PDBx/mmCIF.
Ainda não consegue abrir?
Arquivos que não estão abrindo com nenhuma das ferramentas acima, provavelmente não são arquivos PDB. O que pode estar acontecendo é que você está interpretando mal a extensão do arquivo; alguns formatos usam um sufixo que se parece muito com o PDB, quando na verdade não estão relacionados e não funcionam da mesma forma.
Por exemplo, um arquivo PDF é um arquivo de documento, mas a maioria dos programas acima não renderizarão o texto e/ou imagens corretamente se você tentar abrir um com esses programas de software. O mesmo vale para outros arquivos com extensões de arquivo com grafia semelhante, como arquivos DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO e WPD.
PBD é outro que pertence ao programa EaseUS Todo Backup e, portanto, só é útil quando aberto com esse software.
Se você não tiver um arquivo PDB, pesquise a extensão do arquivo que seu arquivo possui para encontrar o programa apropriado que o abre ou converte.
Leitura avançada em arquivos PDB
Você pode ler muito mais sobre arquivos de banco de dados de programas no GitHub e no Wintellect.
Há mais para aprender sobre os arquivos do Protein Data Bank também; veja Worldwide Protein Data Bank e RCSB PDB.
Perguntas Frequentes
- Como faço para corrigir quando o Visual Studio não consegue encontrar ou abrir arquivos PDB? Se você vir uma mensagem informando que o Visual Studio não pode encontrar ou abrir o arquivo PDB, tente usando a ferramenta de depuração do Visual Studio. Vá para Ferramentas > Opções > Depuração > Símbolos e selecione Microsoft Symbol Servers
- Como faço para abrir um arquivo PDB no Android? Para abrir um arquivo PDB no Android, use um leitor de arquivos de terceiros. Baixe o aplicativo Cool Reader ou qualquer outro leitor compatível com arquivos PDB no Google Play.
